健保開辦不但解決全民就醫障礙，更提供民眾醫療的可近性，而更貼近民眾需求的二代健保，則要做到醫療的可靠性，使民眾就醫有品質保障。以下比較表可以幫助您瞭解二代健保與現行健保的主要差別：
| 項目 |
現行健保 |
二代健保 |
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醫療品質 |
1.醫療品質資訊之提供沒有明文規定。2.主要以服務量為支付的基礎。 | 1.明確規定應該提供的醫療服務品質資訊，協助民眾方便就醫。2.對提供醫療品質較好的服務，給予給付上的鼓勵。 |
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資訊公開 |
健保法未特別明定。 | 1.規定健保局及醫療院所必須定期公布醫療品質相關資訊。2.領取醫療費用一定數額以上之醫事服務機構應公開財務報告。
3.對違規之情節重大者，應公告其名稱、負責醫事人員、行為人姓名及違法之事實。 |
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收支連動 |
監理會與費協會兩會分立，致收入與支出未能同步考量。 | 監理會及費協會合而為一，財務收支通盤考量，落實財務責任制度。 |
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保費計算 |
1.依照職業將被保險人區分為6類14目，各類目應自付保險費的比率亦不同。2.投保金額，只考慮經常性之薪資，未考慮薪資外之所得。
3.論口計費，多眷口者負擔重。 |
1.被保險人不再依職業別來分類。2.全部改以家戶總所得計算其應繳之保險費。
3.論家戶計費，多眷口者負擔減輕。 |
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行政效率 |
遇有轉換工作，或者調整薪資，均需辦理轉入、轉出或調整投保金額等異動之手續。 | 無論轉換工作或者調整薪資，均無需再辦理任何異動手續。 |
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回國就醫 |
旅居海外人士，只要曾有加保紀錄，回國後立即可加入健保，享受給付。 | 旅居海外人士回國，除於最近兩年內，曾有參加健保紀錄，且在台灣地區設有戶籍外，必須設籍滿4個月，才可重新加保，以避免其平時在國外未交保費，生病後要回國就醫時，臨時加保，享受給付，而造成不公平之情形。 |
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境外就醫 |
不可預期及緊急之傷病，於境外就醫之費用，得申請核退。 | 罹患保險人公告之特殊傷病，於臺灣地區外就醫之費用，亦得申請核退。 |
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檢舉獎勵 |
健保法未特別明定。 | 對於違反健保法規定，經檢舉而處罰確定者，得提撥罰鍰金額10％以內經費獎勵檢舉人，以發揮共同監督，維護制度運行及資源合理利用。 |
