費率調降、多數民眾都少繳
這次二代健保修法的重點之一，就是針對股利、高額獎金等所得項目收取2％的補充保險費；而根據估計，僅有17％的民眾必須繳交補充保險費，也就是說，將有83％的民眾僅按照與現制相同的規定，繳交一般保險費。但是，由於加收了補充保險費後，一般保險費的費率將可適度調降，故無須繳交補充保險費的大多數民眾，健保費負擔會減少。
擴大費基、費率五年可不調
因為民眾及僱主都會計收補充保險費，擴大了原本僅以經常性薪資所得為基礎的費基，一般保險費費率可調降至4.91％；根據推估，按照這個費率所收取的一般保險費及補充保險費，應可維持全民健保5年之保險財務平衡。
共盡責任、政府負擔年年高
這次二代健保修法，明確規定每年政府負擔的經費不得低於全部保險經費的36％，較目前政府所負擔的比率提高了約2％。依據初步推估，每年會增加近300億元的經費挹注，以後還必須隨著保險醫療支出的成長每年增加。另外，對於過去累計的健保財務短絀（98年底約580億元），也特別規定將由政府分年編列預算，逐步填補。
資源節制、醫療利用會更好
對於節制資源不當使用，也有許多新規定，例如：加重詐領保險給付及醫療費用者之罰鍰至其詐領金額之二十倍，並對於違規情節重大之特約醫事服務機構，得視其情節輕重，於一定期間不予特約或永不特約；對於多次重複就醫、過度使用醫療資源之保險對象，將即時進行輔導與就醫協助；健保局應每年提出並執行抑制不當耗用醫療資源之改善方案，確保資源有效運用，並依市場交易情形合理調整藥品價格及訂定每年藥品費用目標，以管理藥費支出。
資訊透明、重要事務皆知曉
二代健保強調應公開重要事務的資訊，包括：一些重要會議的實錄、醫事服務機構的財務、品質報告以及病床數、病床使用情形、違規資訊等。希望透過健保業務的決策過程透明化，以利全民共同參與、關心健保業務；藉由提供民眾實用的健保資訊，利於民眾就醫選擇；透過醫療品質資訊及重大違規行為的公開，促進保險醫事服務機構提升醫療品質。
保障弱勢、以後就醫免煩惱
對於有經濟困難的民眾，特別規定健保局要能夠主動協助尋求社會資源；並且，只有對於有經濟能力但拒不繳費的欠費民眾，才可以採取暫行停止給付（控卡）的手段，對於遭受家庭暴力受保護者或有經濟困難的民眾，都不可以予以控卡，要讓全民獲得醫療保障，不再因為繳不起保費而影響就醫。
海外來台、從此不再立即保
過去，常常有民眾認為，長期移居海外的國人，有就醫需求時，隨時返國加保，就可以得到全民健保的給付，並不公平；也擔心會有其他國家的人民為了享有全民健保的醫療服務而來台，造成全民健保資源的侵蝕。這次二代健保修法，已經從嚴限制久居海外或新住民參加全民健保的條件，除非「二年內」曾有加保紀錄，否則，都必須要在設籍或取得居留證件滿6個月，才有參加健保的資格。
