1. 夫妻分開申報綜合所得稅：
所得稅法第 15 條規定，納稅義務人除可就本人或配偶的薪資所得分開計算稅額，由納稅義務人合併填報於同一張申報書內申報繳納外，其餘各類所得均應由納稅義務人合併申報繳納。惟納稅義務人卻常誤認為所得可分別申報，填報 2 張申報書，違反所得稅法第 15 條應由納稅義務人合併申報之規定，這種案件，稽徵機關會依據財稅資料中心產出之資料查核證實係夫妻關係後，將合併課稅，如有短漏稅款者，會依法補徵並處罰。
2. 夫妻分居 分別 單獨申報，未載明配偶姓名及身分證統一編號：
夫妻因分居無法合併申報綜合所得稅，應於結算申報書內載明配偶姓名、身分證統一編號，並註明「已分居」字樣；屆時稽徵機關會將分別單獨申報之資料合併計稅，除了發現另有其他應申報所得短漏報應處罰外，因合併課稅產生之應補稅款，不用處罰，但如未依規定載明，合併課稅產生之應補稅款，除補徵外還要處罰。
3. 納稅義務人經常疏忽漏報受扶養親屬所得：
納稅義務人辦理綜合所得稅結算申報時，列報扶養親屬免稅額，卻經常疏忽漏報該扶養親屬之所得，稽徵機關可依據財稅資料中心提供之扣繳及非扣繳所得資料，經查獲有短漏報情形，除補徵外還要處罰。
4. 納稅義務人未滿 20 歲子、女有所得單獨辦理申報：
所得稅法第 15 條規定，納稅義務人之配偶及合於本法第 17 條規定申報減除扶養親屬免稅額之受扶養親屬各類所得，應由納稅義務人合併申報課稅。依此規定，凡納稅義務人之子女未滿 20 歲（已婚者除外）而有所得者，均應由納稅義務人申報課稅，納稅義務人如將未成年子女所得單獨申報，稽徵機關除依法合併歸戶課徵外，如有應補稅款者，除補徵外還要處罰。
5. 納稅義務人浮報扶養子女免稅額：
納稅義務人辦理綜合所得稅結算申報時，申報扶養不同戶籍且父母均有職業之姪子或他人子女，為免檢附姪子或他人子女同一戶籍及父母證件資料等，故意偽報為自己之子女，類此案件稽徵機關可經由財稅資料中心提供之資料，查出違章事實，除補稅外還要處罰。
6. 納稅義務人列報已死亡親屬之扶養親屬免稅額：
納稅義務人在辦理結算申報時，為減輕稅負，列報已死亡親屬免稅額，稽徵機關可依據死亡戶籍資料勾稽，便能查對死亡事實，經查獲除補稅外還要處罰。
7. 納稅義務人虛報配偶免稅額：
納稅義務人在辦理結算申報時，以假配偶虛報配偶免稅額，經稽徵機關將夫妻檔資料與結算申報書稅籍資料相互勾稽產出異常資料，證實配偶係偽造時，除補稅還要處罰。
8. 納稅義務人於結算申報期間出國或服役疏忽未辦理申報：
納稅義務人出國或服役，在結算申報期間未辦理申報，亦未在稽徵機關核定前自動補辦申報或委託他人辦理申報，稽徵機關可依據財稅資料中心提供之課稅資料，經查獲除核定補稅外還要處罰。
9. 納稅義務人申報綜合所得稅時，列報年滿 20 歲無工作、未在學、服役中或在補習班補習之子女免稅額：
納稅義務人申報扶養子女，限未滿 20 歲或年滿 20 歲而因在校就學（須具正式學籍）、身心殘障或沒有謀生能力，須檢附在學證 明或 醫師證明或其他適當證明文件。納稅義務人常誤以為子女無所得或無工作即可列報扶養，類此案件經稽徵機關查核剔除扶養，追減免稅額並予以發單補徵稅額。
10. 納稅義務人申報綜合所得稅時，列報扶養免稅所得者之子女：
所得稅法第 4 條第 1 項第 1 、 2 款規定之現役軍人、托兒所、幼稚園、國民小學、國民中學、私立小學及私立初級中學之教職員等免稅所得者之子女，不得由他人列報扶養，所稱他人包括祖父母、兄弟姊妹及其他親屬或家屬。納稅義務人常誤以為不重複扶養即可列報免稅額，經稽徵機關查明扶養親屬係免稅所得者之子女，即剔除扶養，並發單補徵稅額。
11. 納稅義務人辦理綜合所得稅結算申報後，又收到扣繳憑單未補辦申報：
納稅義務人辦理結算申報後，又收到扣繳單位寄發之扣繳憑單，納稅義務人不知應補辦申報而漏報該筆所得，致被稽徵機關核定補稅並送罰。類此情形，納稅義務人應重新詳細填寫 1 份正確申報書，並在申報書右上角註明「第 2 次申報」及第 1 次辦理申報日期、收件號碼等字樣，以免受罰。
12. 納稅義務人申報綜合所得稅時申報土地租金收入誤以 43 ％扣除必要的損耗和費用：
申報出租土地之收入僅得扣除該地當年度繳納之地價稅，納稅義務人常誤以房屋出租必要費用標準 43 ％扣除，致短報所得，經稽徵機關更正補稅。
13. 佃農因地主收回出租耕地或政府徵收終止租約而取得概括性補償費屬佃農之其他所得，漏未以半數作為當年度所得申報納稅：
納稅義務人應將該項所得半數併入綜合所得總額申報納稅，但因無扣繳憑單易疏忽未申報，由於此類補償費金額少則數 十 萬元，多則百萬元以上，一旦漏未申報，除補稅外還要處罰。
14. 納稅義務人漏報緩課股票移轉之薪資所得或營利所得：
納稅義務人取得符合原獎勵投資條例第 13 條或 88 年 12 月 31 日 修正前促進產業升級條例第 16 、 17 條規定之增資緩課股票，移轉年度漏未以股票面額【如轉讓價格低於股票面額（或面額加計所含可扣抵稅額合計數），以實際轉讓價格（或轉讓價格加計所含可扣抵稅額合計數）】申報納稅，取得方式為盈餘轉增資者屬營利所得，員工分紅則屬薪資所得。納稅義務人常疏忽漏未申報，稽徵機關可依據財稅資料中心提供之證券商或公司列報之「緩課股票轉讓所得申報憑單」資料，核定補稅並處罰。
15. 執行業務者及補習班、幼稚園、托兒所負責人申報綜合所得稅時疏忽未填報執行業務所得及其他所得：
部分執行 業務 者及補習班、幼稚園、托兒所之經營者於申報綜合所得稅時，誤以為該項執行業務所得或其他所得，由稽徵機關核定即可，而漏未申報。類此案件，如經稽徵機關依查得資料核定有所得時，除補稅外還要處罰。因此，應於結算申報書內填寫執業場所、收入總額、必要費用及所得額，並檢附收入明細表及損益表等資料。
16. 獨資資本主或合夥組織合夥人漏報各該事業之營利所得或應分配之盈餘：
一般營利事業（非小規模營利事業）之獨資資本主或合夥組織合夥人未將經營獨資或合夥事業之營利所得辦理申報，或自認經營之營利事業為虧損而漏報，稽徵機關可依據財稅資料中心提供之營利所得資料據以查核，經查獲除補稅外還要處罰。
17. 獨資資本主或合夥組織合夥人按擴大書面審查實施要點調整營利所得者，漏未重新按調高所得額列計其營利所得，補報個人綜合所得稅：
獨資資本主、合夥組織之合夥人依事業帳載所得額核計營利所得併同其他各類所得先行辦理綜合所得稅結算申報，嗣後營利事業所得稅結算申報案件改按擴大書審實施要點之純益率申報，該資本主或合夥人漏未依調整後之所得填報，致發生短漏報情事，除補稅外還要處罰。
18. 納稅義務人因未取得扣、免繳憑單或股利憑單或緩課股票轉讓所得申報憑單而短漏報薪資、利息、股利等所得：
納稅義務人因離職或變更地址未接到扣繳單位寄送之扣、免繳憑單等，於辦理綜合所得稅結算申報時未按實際所得申報，致發生短漏報情形，經稽徵機關依財稅資料中心歸戶交查資料查獲，除補稅外還要處罰。
19. 納稅義務人漏報軍、公、教退休（伍）金優惠存款之利息所得：
軍、公、教退休（伍）金優惠存款利息免予扣繳，並非免稅。納稅義務人常誤認免扣繳之所得為免稅所得而未申報。如納稅義務人之利息（含優惠存款利息）已超過儲蓄投資特別扣除額 27 萬元，而漏未申報，經稽徵機關查獲除補稅外還要處罰。
20. 納稅義務人漏報私人借貸利息及抵押利息等所得：
私人間之借貸及設定抵押登記所產生之利息所得，因無扣繳憑單，納稅義務人在辦理結算申報時經常疏忽漏報，經稽徵機關調查後，除補稅外還要處罰。
21. 納稅義務人申報綜合所得稅時填報所得額按扣繳憑單「所得淨額」填報 所得額 造成短漏報情形：
納稅義務人辦理綜合所得稅結算申報時，經常疏忽按扣繳憑單之「給付淨額」金額填報而未依扣繳憑單之「所得總額」金額列報，致發生短漏報情形，經稽徵機關審核後除補稅外還要處罰。
22. 納稅義務人以偽造、變造證明文件虛報列舉扣除額：
依所得稅法第 17 條規定納稅義務人得就標準扣除額或列舉扣除額擇一減除。列舉扣除額項目中，醫藥及生育費限以付與公立醫院、全民健康保險特約醫院及診所或財政部認定會計紀錄完備正確的醫院為限，納稅義務人如虛列、偽造或變造證明文件列舉扣除時，一經稽徵機關查獲除補稅外還要處罰。
23. 納稅義務人申報綜合所得稅時申報列舉扣除自用住宅購屋借款利息，經常疏忽未先扣除儲蓄投資特別扣除額：
納稅義務人向金融機構辦理自用住宅購屋借款所支付之利息，每一申報戶限 1 屋，且每年扣除額以 30 萬元為限，並應先扣除儲蓄投資特別扣除額，以其餘額申報。 ※例一：儲蓄投資特別扣除額 27 萬元，實際發生之自用住宅購屋借款利息 15 萬元，可扣除金額 0 元。 ※例二：儲蓄投資特別扣除額 6 萬元，實際發生之自用住宅購屋借款利息 38 萬元，可扣除金額 30 萬元。 ※例三：儲蓄投資特別扣除額 6 萬元，實際發生之自用住宅購屋借款利息 10 萬元，可扣除金額 4 萬元。 納稅義務人常疏忽未扣除儲蓄投資特別扣除額，造成多報列舉扣除額，經稽徵機關審核更正後發單補徵。
24. 納稅義務人申報綜合所得稅時，將竊盜損失誤以災害損失列舉扣除：
納稅義務人辦理結算申報，列報災害損失，僅限納稅義務人遭受不可抗力的災害，如地震、風災、水災、旱災等損失，且必須扣除保險賠償或救濟金的部分（應檢附稽徵機關當時調查核發的證明文件）。納稅義務人常誤以為竊盜損失屬災害損失而列報扣除，類似案件經稽徵機關審核剔除後發單補稅。
25. 納稅義務人誤將上市公司股利列入儲蓄投資特別扣除額：
納稅義務人自 88 年 1 月 1 日 起取得公司公開發行並上市之記名股票股利，於辦理綜合所得稅申報時，不得列報減除儲蓄投資特別扣除額。僅個人於 87 年 12 月 31 日 以前取得公開發行並上市的緩課記名股票，於 88 年度及以後年度轉讓、贈與或作為遺產分配、放棄適用緩課規定或送存集保公司時的營利所得（緩課股票轉讓所得申報憑單格式代號為 71M 者），始得適用個人儲蓄投資特別扣除額 27 萬元規定。納稅義務人常將非屬上述適用儲蓄投資特別扣除規定之股利列入儲蓄投資特別扣除額，經稽徵機關審核後發單補稅。
